En septembre 1998, juste avant les élections au Congrès, le Président Clinton (qui avait besoin d'une victoire dans sa politique extérieure) demanda au Premier ministre Binyamin Netanyahou de participer à un sommet trilatéral avec les Palestiniens à Wye River. Clinton savait qu'un succès au sommet de Wye serait profitable à son image et donnerait également à son parti un grand avantage politique pour regagner le contrôle du Congrès.
Pour motiver Netanyahou, Clinton promit de relâcher Jonathan Pollard dans le cadre du sommet. Comprenant la valeur de Jonathan Pollard pour sa propre réélection, et ayant besoin d'un
« adoucissant » pour faire accepter au peuple Israélien une affaire de « paix », Netanyahou accepta de participer au sommet. Une fois le sommet de Wye en route, Clinton « oublia » rapidement sa promesse de libérer Pollard ; Netanyahou ne pouvait rien faire.

Les discussions arrivèrent un moment donné dans une impasse au sujet de la demande palestinienne de libérer des terroristes et meurtriers Palestiniens et au sujet de la demande d'Israël d'extrader Ghazi Jabali, chef de la Police de Gaza recherché pour sa responsabilité dans la préparation et l'exécution d'attaques terroristes en Israël.

Pour sortir de cette impasse, les Palestiniens suggérèrent comme solution que Jonathan Pollard soit « vendu » à Netanyahou une nouvelle fois : les américains libèreraient Pollard et en échange Israël libèrerait des centaines de palestiniens et donnerait l'immunité à Ghazi Jabali.

Les Américains et Israéliens acceptèrent la proposition palestinienne et il fut décidé que Pollard serait libéré le 11 novembre 1998, une semaine après les élections aux Etats Unis. La négociation autour de Pollard fut la clé de Wye : la cérémonie de signature fut fixée au lendemain, 23 octobre 1998.

Quelques heures avant la cérémonie de signature, le Premier ministre Netanyahou reçut toutes les lettres d'engagements promises par les Américains, sauf une celle garantissant la libération de Jonathan Pollard.

Netanyahou menaça de ne pas assister à la cérémonie de signature sans cette garantie sur Pollard. Clinton lui dit « faites moi confiance ! ». Netanyahou, sachant qu'il risquait d'être trompé une deuxième fois par Clinton, refusa. Arik Sharon soutint Netanyahou et ils menacèrent de quitter Wye sans signer les accords.

Pour soulager le Président Clinton de cette pression, le chef de la CIA, George Tenet, dans une intention délibérée de saboter l'accord, fit rapidement transmettre aux médias la nouvelle de la libération imminente de Pollard.

En même temps, il dépêcha des émissaires au Capitole pour tenir des réunions d'urgence avec d'importants sénateurs et membres du Congrès dans le but d'obtenir leur soutien contre une éventuelle libération de Pollard. Beaucoup de mensonges au sujet de Jonathan Pollard furent utilisés pour convaincre ces législateurs. Ceux ci entamèrent immédiatement une série d'actions publiques sans précédent pour empêcher cette libération.

Pendant ce temps à Wye, Clinton négocia une solution de rechange en privé avec Netanyahou: Clinton promettrait publiquement de revoir rapidement l'affaire Pollard et utiliserait cette révision pour libérer Pollard quelques mois plus tard, parallèlement à la libération de 750 terroristes palestiniens, prix qu'Israël était prêt à payer pour la libération de Pollard.

Sous une très forte pression publique, Netanyahou accepta cet accord privé. La cérémonie de signature eut lieu à Washington comme prévu.

La renonciation publique de Netanyahou lui coûtera son poste quelque temps plus tard.

Après le sommet de Wye, la Maison Blanche accusa faussement Netanyahou d'avoir négocié Pollard au dernier moment. Cependant, des témoins oculaires de la négociation sur Pollard à Wye (y compris l'Israélien et le Palestinien qui négocièrent l'affaire avec Clinton ainsi que l'ancien secrétaire du cabinet israélien) contredirent ultérieurement la version américaine et affirmèrent que le président Clinton s'était engagé personnellement à la libération de Jonathan Pollard comme partie intégrante des accords de Wye.

Lorsque Netanyahou regagna Israël après Wye, il créa une tempête médiatique en libérant 200 simples prisonniers palestiniens. Les Palestiniens se plaignirent que ces prisonniers n'étaient pas ceux pour lesquels ils avaient négocié à Wye. Les Américains protestèrent vigoureusement. Netanyahou leur rappela que les accords de Wye ne spécifiaient pas précisément quels prisonniers Israël devait libérer. Les critiques se demandèrent comment Netanyahou osait contrarier les Américains de la sorte.
Seuls les proches du Premier Ministre comprirent que Netanyahou rappelait ainsi à Clinton de ne pas espérer le tromper une troisième fois au sujet de Pollard. Pas de Pollard, pas de libération de terroristes et meurtriers palestiniens.

Malheureusement pour Jonathan Pollard, le gouvernement de Netanyahou tomba avant qu'il ne puisse agir en sa faveur.

Dans une réunion avec Netanyahou, juste après sa défaite électorale au printemps 1999, la femme de Jonathan Pollard, Esther, reçut l'assurance que le nouveau Premier ministre Ehoud Barak avait été entièrement mis au courant de ce qui avait été conclu à Wye et de la solution de rechange: Israël devait toujours libérer les 750 terroristes et était supposé recevoir Pollard en contrepartie.

Peu après l'entrée en fonction de Barak, les 750 terroristes palestiniens furent libérés et Jonathan Pollard restait dans sa cellule américaine.

Plus de deux ans s'écoulèrent, le Président Clinton ne révisa jamais le dossier.

Jonathan Pollard restait en prison pendant que les Etats-Unis continuaient d'imposer à Israël de lourdes concessions en contrepartie de sa libération.