הרב יואב מלכה, ר"מ במכון מאיר, עיבד והלחין את מאמרו של הרב אבינר, ויהונתן עדיין בתוך הבור לשיר והלחין אותו. ניתן להאזין לשיר בגרסא עברית יהונתן בוכה בתוך הבור.
בוכה בלי דמעות,
בלי קול ובלי מילים,
לא על עצמו לבד יהונתן בוכה,
על כל מיני יוסף אשר בבור הוא בוכה.
אחינו יהונתן, יוסף התורן,
בוכה על פגם האחווה
שטרם נתקן. מהרהר יהונתן בתוך הבור,
שמונה עשרה שנים נמצא כבר בתוכו
ברוב זמנו חושב ומהרהר,
הלא בנאמנות שרתתי,
לא בגדתי מעולם,
לטובה רק נתכוונתי,
להציל מאסון ובזיון
עושים לי עוול נורא. פזמון: מי שהעלה את יוסף מן הבור
יעלה יהונתן אל האור
במהרה יתקיים ביהונתן הגיבור
"העלית מן שאול נפשי
חייתני מירדי בור" מתפלא יהונתן בתוך הבור:
אחיי, למה בי בגדתם?!
מבשרכם העלמתם עין
הלא אני הוא זה שלכם הודעתי,
זדון אויב להשמידכם בגז ממית,
התייגעתי עבורכם כל כך,
סיכנתי גוף ונפש,
ואתם מצטלמים, מדברים, מצהירים
אומרים כה הרבה ומעט כה עושים.
התייגעתי עבורכם כל כך
סיכנתי גוף ונפש,
גדול כאבי כאן בבור בלעדיכם
וכואבת יותר שתיקתכם. פזמון: מי שהעלה את יוסף מן הבור… יהונתן, זוכר בתוך הבור.
שכחנוהו, אך הוא לא אותנו
את עמו חולם וחי,
כל הזמן על טובתנו מחשבתו,
רב כישורים וגם גאון אדיר,
שנתו מדיר על בעיותינו
ביטחון, חברה וכלכלה,
מכספו המועט לישראל הוא תורם,
בשליחותו, אשתו אבלים תנחם. מאמין יהונתן בתוך הבור,
שאינו לבדו בחושך
ה' שם לצידו,
מאיר פניו סועד את ליבו,
תמונות קשות הם מציגים
מול שתי עיניו,
מתאמצים להשחית נשמתו
והוא נשאר בצדקתו,
לריבונו של עולם תפילתו הזכה
הראני כותלי מקדשך! פזמון: מי שהעלה את יוסף מן הבור… | 
